3006872 GI 71 Titel

نویسندگان

  • Ulrike Mückstein
  • Hakim Tafer
  • Jörg Hackermüller
  • Stephan H. Bernhart
  • Peter F. Stadler
  • Ivo L. Hofacker
چکیده

We present an extension of the standard partition function approach to RNA secondary structures that computes the probabilities Pu[i, j] that a sequence interval [i, j] is unpaired. Comparison with experimental data shows that Pu[i, j] can be applied as a significant determinant of local target site accessibility for RNA interference (RNAi). Furthermore, these quantities can be used to rigorously determine binding free energies of short oligomers to large mRNA targets. The resource consumption is comparable to a single partition function computation for the large target molecule. We can show that RNAi efficiency correlates well with the binding probabilities of siRNAs to their respective mRNA target.

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

Münchner Java Konferenz 2008

Die Java User Group München (JUGM, http://www.jugm.de) veranstaltet am Freitag, 12.9.2008, die erste Münchner Java Konferenz. Die Konferenz bietet eine Vielzahl von Vorträgen zur Softwareentwicklung mit Java. Ein besonderer Schwerpunkt liegt auf den Themenbereichen: • Frameworks • Modellierung und Vorgehensmethodik • Sicherheit • Konfigurationsmanagement • Qualitätssicherung Neben der detaillie...

متن کامل

3004805 GI 53 Titel

To facilitate research in comparative genomics, sequencing projects are increasingly aimed at assembling the genomes of closely related organisms. Given two incomplete assemblies of two related genomes, the question arises how to use the similarity of the two sequences to obtain a better ordering and orientation of both assemblies. In this paper, we formalize this question as the Optimal Synten...

متن کامل

Programma Akademie-onderzoekers

Vraag 1-3 in te vullen door onderzoeker en verantwoordelijke hoogleraar 1. gegevens onderzoekvoorstel: a. universiteit: Rijksuniversiteit Groningen b. wetenschapsgebied (zie bijlage A Indeling van de vijf wetenschapsgebieden): Gedrags-en maatschappijwetenschappen c. titel onderzoekvoorstel (Nederlands): netwerkinbedding en solidariteit in het werk d. titel onderzoekvoorstel (Engels): network em...

متن کامل

ذخیره در منابع من


  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

عنوان ژورنال:

دوره   شماره 

صفحات  -

تاریخ انتشار 2005